Pendant l'hiver de 1407 - 1408. des inondations extraordinaires coïncidèrent avec une saison extrêmement rigoureuse. La violence des froids fit périr quantité de pauvres gens. Beaucoup furent noyés et grand nombre de moulins et autres édifices renversés.
Le duc d'Orléans fut contraint de lever le siège de quelques villes riveraines de la Garonne et de suspendre sa lutte contre les Anglais.
En 1414, 1421, les crues se renouvelèrent.
En 1426 au mois de juin, "furent les eaux si grandes que la propre nuyl de Saint-Jehan, quand le feu fut allumé et que les gens dançaicnt autour, la Garonne crut tant, qu'elle destaindre le feu; pour ce, fut faicte une procession générale et moult piteux sermons"
En 1427, "nouveaux malheurs furent causés par l'intempérie exceptionnelle des saisons. Depuis la moitié du moy d'avril, jusqu'au lundy de la Pentecôte, qui fut le neufvième jour de juin, il ne fina de pleuvoir."
Au mois d'octobre 1428, dit Jehan Damait, en son livre sur les Antiquité d'Agenois, "la Garonne se desborda tellement qu'elle entra dans la ville d'Agen, par la porte Saint-Georges. Il s'y fit procession générale, où fut portée de Saint-Estienne, l'image de Notre-Dame, sur le degré du pont de Garonne. Dès lors, l'eau commença à diminuer."
La plus formidable des inondations signalées dans le cours des âges eut lieu à la fin du mois d'octobre 1435. Au moment où Raymond de Montpezat venait de s'emparer de Castelmoron et de le démolir, des pluies torrentielles submergèrent tout le bassin de la Garonne.
A Agen, la rivière atteignit une hauteur sans précédent (12 m. 50 approximativement au-dessus de l'étiage actuel.) Elle franchit le pont décrété par Richard Ier, roi d'Angleterre, et terminé sur les ordres donnés le 20 janvier 1324, par Charles IV.
"Les bàtteaux, raconte Darnalt, naviguaient par-dessus les murs de la ville, au-devant des Corleliers. L'eau entrant par la porte de Garonne jusques aux Jacobins, alla sur l'autel des Cordeliers - du Capitol, plus d'une cane de hauteur, et sur l'autel des Augustins, jusqu'à la ceincture de l'image du sainct, faisant largue ceincture autour l'image Nostre-Dame, sans la toucher. Passa aussi par-dessus l'autel Saint Fiary, courant les rues, la place d'Agen et les boucheries, montant jusques à la barre de la porte du Pin."
Les débordements postérieurs arrivèrent : En 1471, 1476, 1493, 1496; ce dernier surgit très rapide- ment à la fin du mois de novembre et endommagea les terres fraîchement ensemencées.